Quando negli ultimi decenni dell'Ottocento iniziò a sorgere il nuovo quartiere del Vomero, i settori in cui le istituzioni interessate presero iniziative per soddisfare con tempestività le esigenze dei neovomeresi furono il settore del trasporto pubblico, con la costruzione delle funicolari, e quello del culto religioso.
In quest'ultimo ambito la situazione in cui si trovava la collina era molto deficitaria. Tutta la collina, dai Camaldoli fino alla Salute e all’inizio di Via Manzoni-Via Tasso, cioè l’insieme degli attuali quartieri Vomero e Arenella, era curata da una sola parrocchia, quella di Santa Maria del Soccorso all’Arenella.
Per sanare questa situazione, soprattutto in previsione dello sviluppo urbanistico della collina, già alla fine del 1884 il cardinale Guglielmo Sanfelice aveva provveduto a staccare l’area del Vomero dalla giurisdizione dell’unica parrocchia ed erigerla a parrocchia autonoma, con sede nella chiesa di San Gennaro al Vomero in Via Bernini.
Inoltre nell'arco di pochi anni le istituzioni ecclesiastiche dotarono la collina di altre nuove chiese. Fra i nuovi templi e complessi religiosi vanno ricordati i complessi dei Salesiani e quello di San Francesco al Vomero.
Soffermiamoci su quest’ultimo, sorto fra le due scalinate che congiungono Via Aniello Falcone con Via Luca Giordano.
In quegli anni i Francescani erano alla ricerca di una sede dove svolgere le loro attività, soprattutto quella della formazione dei giovani aspiranti all’Ordine, messe in crisi dalle confische dei conventi operate dall'Italia postunitaria.
Nel 1891 essi comprarono, per 37.000 lire dell’epoca, un terreno fra Via Luca Giordano e Via Aniello Falcone. Il 19 maggio 1892 il cardinale Gugliemo Sanfelice pose la prima pietra di SanFrancesco al Vomero.
I lavori partirono a rilento per il rarefarsi delle “elemosine particolari” su cui si era fatto affidamento. I Francescani ricorsero allora all’aiuto della Custodia della Terra Santa: essi donavano la fabbrica fino ad allora realizzata a detta organizzazione, che vi apriva un suo convento, in cambio dell’impegno a finanziare il completamento dell’opera. Questo spiega perché sull’ingresso originario al convento si legge “Collegio di Terra Santa”.
Fra gli accordi fu previsto anche il trasferimento a Napoli dell’architetto Frate Wendelino Hinterkeuser, un fratello laico tedesco, di notevoli capacità tecniche che in trenta mesi riuscì a completare l’opera, progettata da un italiano.
All’inizio di ottobre del 1894 il cardinale Sanfelice tornò al Vomero per consacrarvi la nuova chiesa.
Fra Wendelino subito dopo andò a costruire altre chiese in Palestina, fra cui una a Emmaus, a ricordo dell’incontro di Gesù Risorto con i discepoli, che presenta una facciata quasi gemella del tempio vomerese.
L’interno della chiesa, trovandosi chiusa a sinistra da Via Aniello Falcone è sviluppato ad una sola navata, stilisticamente ispirata a forme goticheggianti, che si elevano con semplicità verso l’alto. Fra le sobrie decorazioni spiccano le vetrate istoriate.
Dalla prima Guerra mondiale in poi, per una quindicina d’anni, i religiosi non potettero usare i locali del secondo piano del convento annesso alla chiesa perché in essa furono ospitati estranei di ogni specie, la cui presenza rese necessaria addirittura la costruzione della scala che immette al secondo piano direttamente dalla strada senza passare per il chiostro. Dal 1916 al 1919 si succedettero bersaglieri, prigionieri jugoslavi, sfollati di un palazzo vicino pericolante, Partito Popolare di Don Sturzo. Più a lungo di tutti vi stettero le Scuole Normali femminili (futuro Istituto Magistrale), dal 1920 al 1928.
Nel 1992, in occasione del centenario della posa della prima pietra del complesso, è stata posta una statua del Santo in piazzetta Aniello Falcone.